为什么肉瘤患者做基因检测最好同时检测DNA+RNA？
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导读
融合变异的检出率在肉瘤的辅助诊断及指导用药中至关重要。
不论是国内还是国外，对于融合基因的检测，DNA+RNA检测双管齐下已是大势所趋。
对于RNA-seq+ DNA-seq都能检测的融合，两者结合能相互补充提升检出率，优于只做DNA-seq。
至本医疗在国内首个推出RNA-seq+ DNA-seq联合检测产品“元溯S****®”，通过靶向RNA捕获测序的检测方法加上专利技术Ori-Fusion独创融合模式识别技术，可更高效、更全面地检测基因融合，给患者带来临床获益。
01
肉瘤患者为什么需要检测融合突变？
来源于间叶组织（包括结缔组织和肌肉）的恶性肿瘤称为“肉瘤”，多发生于皮肤、皮下、骨膜及长骨两端。其中，软组织肉瘤由于亚型众多，存在多种基因融合/重排，病理诊较为困难。国外一项大样本研究[1]显示，约8%的肉瘤病理诊断不明确或诊断错误。通过NGS检测，能够发现肉瘤特征性基因融合，辅助医生更明确患者的亚型分层和可用药靶点，找到具有针对性的靶向药物。因此，对于肉瘤患者来说，针对融合基因的检测必不可少也至关重要。
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目前，我国的软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识（2019版）大力推荐联合RNA水平检测(RNA-seq)用于肉瘤的辅助诊断及其靶向治疗参考；我国**《CSCO软组织肉瘤诊疗指南》（2019）**将DNA测序列为列为**Ⅲ级推荐**用于肉瘤病理学诊断；美国国家综合癌症网络(NCCN)发布的**软组织肉瘤指南(2020.V2)**中，则将DNA测序(DNA-seq)列为**Ⅲ级推荐**用于肉瘤诊断。
02
什么样的检测方法更适合肉瘤患者？
对于肉瘤患者来说，检测产品对融合基因的检出能力要求极高，才能更好地帮助肉瘤患者准确分型、指导治疗。目前，融合基因的检测方法大致有以下几种，各有优缺点：
从上表中可以看出，NGS检测（RNA-seq/DNA-seq）可有效检出融合基因及融合partner、确定融合亚型，弥补IHC等常规检测方法存在的漏检、假阴性或不能区分融合partner等不足。
目前市面上的NGS检测产品多为DNA panel，具备融合基因的检出能力（明确的融合partner和明确的融合亚型）。由于两基因融合的断点一般位于DNA的内含子区域，而使用DNA panel检测融合基因一般仅包括部分内含子，因此，融合基因的检出受探针设计的影响，探针未覆盖的融合形式是无法被检测到的。那么，是不是DNA panel探针覆盖基因全长（所有外显子+内含子）就不会漏检了？
目前来说，DNA panel暂时无法避免融合基因的漏检问题。因为目前国内外市场上商业大panel的大小在1-4M左右，假如DNA panel的探针设计得能够覆盖融合基因的全长，仅下图所示的13个常见融合/重排变异可用药基因的探针大小就达3.54M。在这样的情况下，DNA panel不可能覆盖所有的内含子区域，则必定会存在漏检，导致遗漏患者融合突变的用药机会。
而RNA panel由于仅需检测外显子的部分，探针大小较小可覆盖融合基因的全长，因此可以检测出RNA层面上的所有融合。为弥补DNA panel 的漏检问题，获得更全面的融合基因信息，同时检测DNA+RNA可能是最好的解决方案。
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2019年，两款RNA检测融合的产品获得了FDA突破性器械待遇；同年，我国软组织和骨肉瘤专家共识也将RNA检测写入了指南；2020年，非小细胞肺癌NCCN指南推荐DNA panel检测阴性的患者进行RNA检测，以增加融合的检出率。可以看出，不论是国内还是国外，对于融合基因的检测，DNA+RNA检测“双管齐下“已是大势所趋。
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03
DNA+RNA检测可能提升多少获益？
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一项肺腺癌的研究[2]中显示，在14％的肺腺癌病例中RNA-seq检测发现了DNA-Seq漏检的基因变异（27例框内融合，6例MET ex14），其中10例接受靶向治疗80%（8例）得到了临床获益。
至本数据显示，在DNA检测的基础上增加RNA检测能够提升全瘤种融合突变19%的检出率，对于肉瘤可提升**14%**的融合突变检出率。肉瘤中仅RNA检出的融合突变中，84.2%为可帮助辅助诊断的融合。
对于检测融合基因，基于NGS技术的RNA/DNA测序是相互补充的关系， RNA+DNA测序显然是更优的应对策略。
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04
DNA+RNA检测哪家强？
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早在2017年9月，至本医疗就推出了当时首个也是唯一一个为融合检测而定制的产品“元溯S****®，包含RNA和DNA层面的共同检测。
在NGS算法上，至本医疗的专利技术Ori-Fusion独创融合模式识别技术，通过跨组学交叉分析，可全视角检测4种融合和重排形式（已知融合、新融合、内部重排、基因间区重排），能准确识别断点位置、未知partner基因以及融合亚型。
在检测方法上，至本医疗采用的是靶向RNA捕获测序提取石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA。相比于编码RNA测序和核糖体RNA去除测序，靶向RNA捕获测序的实验过程中基本没有RNA损失，可最大程度降低RNA的损失，提高检测合格率，并能使融合检出的灵敏度更高，特别是罕见或低表达的融合。至本“元溯S*®*”的融合检出率高于国外FoundationOne Heme的数据[3]**，**可为临床提供极致精准的有效信息。
对于肉瘤患者来说，最大的遗憾不是无能为力，而是我本可以。由中山大学第一附属医院沈靖南教授和至本医疗科技共同发起的首个****中国千例肉瘤人群真实世界研究项目，正是采用基于国内首个DNA+RNA同时检测的大panel产品——“元溯S*®*”对患者进行的全面检测，真正做到了让患者不留一丝遗憾，不失一线生机。
作为率先在国内完成CAP/CLIA“双C”认证、产品验证以及临床验证等全面体系建设的肿瘤精准医疗公司，至本医疗始终追踪精准医疗前沿，立足于患者的临床获益。未来，至本医疗将继续推动检测技术和生信算法的不断迭代和优化，持续助力肿瘤精准诊疗。每一次检测都能提供全面、准确的分子水平信息，不遗漏任何临床获益机会，至本检测，“一次就够”！
参考资料：
[1] J Clin Oncol 35, 2017 (suppl; abstr11001).
[2] Clin Cancer Res. 2019 Aug1;25(15):4712-4722.
[3] JCO Precis Oncol 4:176-182.