全外显子组VS全基因组测序,谁才是赢家
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/201549140810463.htm
过去研究者们常通过全外显子组测序检测致病突变,不过全基因组测序的成本也越来越低,究竟哪一种方法更好用呢?日前,洛克菲勒大学的Alexander Bolze(现在在加州大学)和同事对这两种方法进行了比较,并将结果发表在最近的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。
生物通报道:过去研究者们常通过全外显子组测序检测致病突变,不过全基因组测序的成本也越来越低,究竟哪一种方法更好用呢?
翻看大多数遗传学杂志,你可能会觉得只测序蛋白编码基因的全外显子组测序(WES)是首选。诚然WES近年来逐步优化,能够有效在外显子组中鉴定突变,不过这一技术的主要吸引力还是价格低。随着全基因组测序(WGS)成本的直线降低,它逐渐成为了临床和基础研究的另一种选择。
日前,洛克菲勒大学的Alexander Bolze(现在在加州大学)和同事对这两种方法进行了比较,并将结果发表在最近的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。
Bolze等人之前主要是用WES研究患有罕见病的个体,比如先天性无脾症(congenital asplenia)。“可以说WES是相当成功的,举例来说,我们发现约有一半的患者存在RPSA基因突变。然而,尽管我们对另一半患者进行了多次全外显子组分析,尝试了各种方法,依然没有找到遗传学病因,”Bolze说。“于是我们想要尝试全基因组测序,也许能在RPSA基因附近的调控区域有所发现,或者发现一些WES检测不到的拷贝数变异。”
WGS的数据分析比WES难,有必要每次都测序整个基因组么?应该先用全外显子组测序来寻找突变,还是直接进行全基因组测序呢?(延伸阅读:别让样品制备拖了测序的后腿)
为了找到这些问题的答案,Bolze等人用WES和WGS分析了六个不相关的个体。研究显示,虽然WES在检测编码区域的单核苷酸变异时表现良好,但WGS在鉴定单核苷酸变异、插入和缺失突变时更为稳定。研究人员指出,WGS能够更有效的鉴定外显子组的突变。虽然目前WGS比WES贵,但它的成本将会很快下降。从长远角度考虑,WGS是检测致病突变的首选方法。
“这项研究为科学家和医生们提供了宝贵的信息,他们可以根据我们的结果,了解WES和WGS检测不同基因和突变类型时的表现,选择最能满足自己需求的方法,”Bolze说。“对于大型研究而言,如果想要获得长期可用的数据,我们认为WGS是最佳选择。”
生物通编辑:叶予
生物通推荐原文:
Belkadi A, Bolze A, Itan Y, Cobat A, Vincent QB, Antipenko A, Shang L, Boisson B, Casanova JL, Abel L. Whole-genome sequencing is more powerful than whole-exome sequencing for detecting exome variants. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Mar 31.